Porque cuando usas assembler utilizas las instrucciones de la arquitectura en la que estás, aunque hay estandares (desde el 8086, si no me equivoco, antes lo que programabas era solo para tu maquina porque todas las arquitecturas eran diferentes). Hablo de arquitectura tanto como hardware (instrucciones que solo sirven en tu micro, si es que las usas), como de plataforma (16, 32,  64 bits, no es lo mismo redireccionar con 16 bits, que con 32, que con 64), asi como tambien de sist op, cada sist operativo tiene sus interrupciones a nivel de software y en cada uno es diferente, por ejemplo para imprimir la pantalla en linux utilizas 0x21 y en windows 0x80. En cambio C es mas portable porque no se vale de esas caracteristicas especificas. Es decir, en C, si compilas un programa que imprime en pantalla, si lo haces en Linux, por ejemplo, gcc usara la interrupcion 0x21. Por otra parte si lo compilas en windows, MinGW usara la interrupcion (0x80, como te habia dicho). Ademas C tiene un sistema de macros que te permite especificar que codigo va para tal sist op, para tal arquitectura, o para 32 o 64 bits. Pero igual todo lenguaje no interpretado termina en codigo máquina.
Espero haberte ayudado y que alguien me corriga si me equivoco.