Lo que haces es un loop que se repite hasta que el dato ingresado sea el correcto:

scanf("%d", &lado_mayor);
while (lado_mayor < lado_menor) {
    printf("El lado mayor tiene que ser mayor que el menor");
    scanf("%d", &lado_mayor);
}
 

o

int error_flag = 0;
 
do {
  error_flag = 0;
  //pedir valor
  scanf("%d", &lado_mayor);
  if (lado_mayor < lado_menor) {
    erro_flag = 1;
    //mostrar algún error
  }
 
} while (error_flag);
 

Saludos

Mira es muy simple, primero pides el dato del número menor, una vez leido  pides el dato del número mayor, justo después colocas el loop en él la condición será evaluada como verdadera o falsa, si es falsa el loop no se ejecuta, si es verdadera se ejecuta hasta que la condición sea falsa. Digamos:

Numero Menor: 10
Numero Mayor: 5
 Se evelua la condición para entrar o no al loop:
 Numero mayor < Numero menor : Si (true)
    Entramos al loop
    solicitamos de nuevo el número: 15
    reinicia el loop y se vuelve a evaluar la expresión:
 Numero mayor < numero menosr: No (false)
 La condición no se cumple, el loop no se ejecuta y el flujo normal del programa continua.

En definitiva sería algo así:

# include <stdio.h>
# include <stdlib.h>
 
int main()
{ 
      int lado_menor,lado_mayor,base,altura,perimetro,area;
      printf("\n Introduce el valor del lado menor:");
      scanf("%d",&lado_menor);
 
      printf("\n Introduce el valor del lado mayor:");
      scanf("%d",&lado_mayor);
      //----------------------------
      while (lado_mayor < lado_menor) {
	printf(" El lado mayor tiene que ser mayor que el menor");
	printf("\n Intentalo nuevamente: ");
	scanf("%d", &lado_mayor);
      }
      //---------------------------                                                 
 
      printf("\n Introduce el valor de la base:");
      scanf("%d",&base);
 
      printf("\n introduce el valor de la altura:");
      scanf("%d",&altura);
 
      perimetro=(lado_menor*2)+(lado_mayor*2);
      area=(base*altura);
 
      printf("\n El perimetro es:%d",perimetro);
 
      printf("\n El area es:%d",area);
 
 
 
      system("Pause");
      return 0; 
}
 

Saludos

De nada, Me alegra que te haya funcionado.

Saludos