No hay ninguna diferencia entre leer de teclado y un fichero. Podrías incluso cambiar el stdin (fichero del teclado) hacia un txt para que se lea directamente con las mismas funciones:

stdin = freopen("archivo.txt", "r", stdin);

Por cierto la indentación no es la adecuada. No es tabular todo el código, sino tabular los bloques. La idea esque puedas reconocer cual es cada bloque (entiendase por bloque un condicional, una función, un bucle...):

#include <stdio.h>
 
struct Palabras
{
   char letras[10]; //letras de cada palabra, maximo 10 letras
};
struct Palabras Tpalabras[6]; //vector con informacion de todas las palabras, maximo 6.
 
void main(void)
{
   int ch, i, j;
 
   puts("introduzca sus palabras a buscar separadas por espacios y un punto en la ultima para indicar que se han acabado: ");
 
   for(i=0;i<6;i++)
   {
       for(j=0;j<10;j++)
       {
           if(ch=getchar() != '.') break;
           else
           {
               if(ch=getchar()!= ' ')Tpalabras[i].letras[j]=getchar();
               else continue;
           }
       }
   }
}

Cada llave abierta son 4 espacios a la derecha más que tabular, y cada llave cerrada son 4 espacios menos para tabular.

Me congratula decir que conseguir que el programa funcionase bien lo que era leer palabras, cambiando ese condicional por:
Y modificando la funcion de lectura para que devolviera bien. Ahora el problema ya es otro que es en la funcion de comparar, porque segun parece ordena bien las palabras, pero nose porque algunas ocasiones no funciona la comparacion, voy a seguir provando y si veo que no me sale vuelvo a decir algo, pero esto ya en un post nuevo porque este quedo muy desfasao para el problema actual ya.

Muchas gracias por vuestro tiempo