Bueno antes de todo decir que soy bastante nuevo en esto de la programación pero me esta gustando 

Y sobre el problema, lo que quiero hacer es un pequeño y simple programa de criptografia en el que la entrada seria consistiria en una secuencia de casos separada con una linia en blanco:
Cada caso tendria 3 partes:

· Una linia con una traducción de 26 caracteres diferentes seguidos (todos diferentes de ' ' y '_' ). Que corresponderian a 'a', 'b' ... 'z'.
· Un natural positivo  n en una linia
·  n linias de texto criptografiado.

Ya tengo hecha la esencia del problema que es que te lo traduzca correctamente, el problema lo tengo en el formato de las salidas me salen todas pegadas. He intentado poner couts << endl; pero para que no me los leyera 

Una imagen con los formatos de entrada/salida:
http://gyazo.com/7fe40419fa513770e86aba884d0089cb.png

Y mi codigo:
http://pastebin.com/yf02Z7tN

PD: Soy nuevo en el foro por lo que si he hecho algo mal, avisadmelo 

En la imagen, no me explicas nada. Son 1 o 2 entradas diferentes?

Has probado a poner cout << endl << endl;? Quizás es lo que buscas.



PD:Se dice linea, no linia. Por favor, revisa lo que escribiste antes de postear, tienes muchas faltas. Usa signos de puntuación por favor.

Aquí corregí el código:

#include <iostream>
#include <vector>
 
using namespace std;
 
const int MAX = 'z' - 'a' + 1;
 
int cript(const vector<char>& Dic, char c) {
 
    for (int i = 0; i < MAX; ++i)
        if (c == Dic[i]) return i;
 
    return 0;
 
}
 
int main() {
 
    vector<char> Dic(MAX);
 
    while (true) {
        cout << "Ponga el diccionario:" << endl << " - ";
        for (int i = 0; i < MAX; ++i) cin >> Dic[i];
        int cas;
        cout << "Ponga numero de lineas:" << endl << " - ";
        cin >> cas;
 
        for (int i = 0; i < cas; ++i) {
 
            string c;
 
            cin >> c;
                for(int j=0; j<c.length(); j++)
                    if (c[j] == '_') cout << " ";
                    else {
                        int k = cript(Dic, c[j]);
                        cout << char(k+ 'a');
                }
 
            cout << endl;
        }
        cout << endl;
    }
}

Puse un par de couts explicando lo que pid een cada caso. Ahora te explico:

Tenías un "while(cin << c)". Eso hacía que no saliera del ciclo, y continuaba pidiendo caracteres.
Te convertí 'c' e un string, y lo cambié un poco.

Tenías 1 fallo, que erradicaba en un uso obligado de otro:

Tenías: "for(int i=1;i<MAX;i++) ..."
Por ese motivo, tenias que poner "while(cin >> c[0])" Ese '0' se evita ponerlo, si le I del for la inicializas en 0. Ademásde cambiar eso, podrías quitar el while, o dejarlo como lo puse yo, para que pida infinitamente. (O lo que tu quieras)

En fin, creo que eso es todo. Suerte.

Bueno, y una recomendación personal: Ya que es C++, aprobecha y usa las strings xd
No te obligo jaja, pero puedes evitar fallos.

La String está definida en la librería estandar si no me equivoco.

Las funciones del tipo "strcat()" y cosas así, sí necesitan la <string>. (strcat es un ejemplo, pero bueno, no se si ese precisamente lo es jaja)