Generalmente, tu variable que representa al archivo será un puntero a dicho archivo. Algo así:

FILE* pFileVar;

Justamente, al ser tu variable un puntero, no es necesario anteponer el ampersand ("&") cuando lo pasas como parámetro. Ya lo estás pasando por referencia tu archivo, al pasarle el puntero correspondiente (es decir, tu variable).

La declaración de la función sería algo así:

void foofile (FILE* pFile);

Y cuando quieras llamarla:

foofile(pFileVar);