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Me podrian explicar como se pasa un archivo por referencia a una funcion en lenguaje C.. cuando llamo a la funcion debo anteponer "&" antes del nombre del archivo o no? y como es la declaracion en la funcion?

Generalmente, tu variable que representa al archivo será un puntero a dicho archivo. Algo así:

FILE* pFileVar;

Justamente, al ser tu variable un puntero, no es necesario anteponer el ampersand ("&") cuando lo pasas como parámetro. Ya lo estás pasando por referencia tu archivo, al pasarle el puntero correspondiente (es decir, tu variable).

La declaración de la función sería algo así:

void foofile (FILE* pFile);

Y cuando quieras llamarla:

foofile(pFileVar);