Borrando todo lo que está en consola después de introducirlo con:

//Si estás en Linux
system("clear");
//Si estás en Windows
system("cls");

Este solo vale para cout:

cout<<"\b\b\b";//esto es para retrasar el cursor 3 posiciones.
cout<<"   ";//esto son 3 espacios para borrar lo anterior.
cout<<"\b\b\b";//vuelves a retrasar el cursor 3 posiciones para escribir.

Para esto último puedes usar esta función que acabo de hacer:

void clearCharacters(unsigned int numcharacters)
{
    for(register int i=numcharacters; i != 0 ;--i)
    {
        cout<<"\b";
    }
    for(register int i=numcharacters; i != 0 ;--i)
    {
        cout<<" ";
    }
    for(register int i=numcharacters; i != 0 ;--i)
    {
        cout<<"\b";
    }
}