bueno amigos hoy necesito que me ayuden con algo que me rompio la cabeza toda la tarde y es sobre como llamar a los comandos de ms-dos con un programa echo en c++

la cuestion es que yo llamo a la libreria stdlib.h para poder asi usar la fncion system y desde ahi introducir los comandos de esta manera: system ("COMANDO MSDOS");
pero entre esos comandos que quiero utilizar se encuentra el cd\ para ir al directorio raiz entonces debo colocar doble \\ para evitar confuciones al compilador.
pero el problema llega cuando quiero probar el programa ya que si luego de ir al directorio raiz quiero ir a la carpeta archivos de programa con esta serie de comandos
cd\
cd archivos de programa
en la ventana me dice que  el sistema no puede hayar la ruta indicada o algo asi
entonces no se que hago mal, y necesitaria que me ayuden con este metodo o me expliquen otro para poder "navegar" entre las carpetas como si se tratase de un archivo batch.
tambien se me ocurrio que podria hacerlo directamente con c++ sin recurrir a comandos msdos, porque lo unico que necesito hacer es lograr borrar un directorio y ejecutar archivos ubicados en una carpeta de archivos de programa.
espero haber sido lo mas elocuente posible y que me puedan ayudar. desde ya muchas gracias 

muchas gracias por la respuesta guru....pero  a que te refieres con MFC ?
el resto lo entiendo por ahora y me sera de gran ayuda