Pues viejo, no veo el porque debes usar otro arreglo para usarlo en la suma de numeros pares e impares. Simplemente reutiliza el mismo arreglo en otro ciclo por separado y lo usas para filtrar y sumas en una variable u otra y ya lo tienes, más que nada, ya que estas usando, debes saber cuales son las librerias que necesitas:
#include <stdio.h> ---> no la necesitas, es la libreria estandar de C para flujo de datos de entrada y salida, usa scanf, printf y similares, funciona en C, no para C++
#include <iostream.h> ---> el unico que necesitas, es para el cin y el cout, osease, el flujo de datos de entrada y salida en C++.
#include <conio.h> ----> no lo necesitas, es para edición de colores, solo funciona en windows
#include <windows.h> ----> no lo necesitas, es para crear y configurar interfaces de ventana o formularios graficos, no es portable para multiplataforma, es decir, funciona solo en windows
#include <stdlib.h> ---> no lo necesitas, es de C
void main (void) ---> main(), bueno, eso depende del compilador, pero generalmente es así
Va tu solución a mi me funciono bien ahora. El problema no era de iniciar las variables, es que simplemente usabas un arreglo que pues, estaba lleno de basura (no inicializado), pero que de todas maneras sobraba, con el primer arreglo es más que suficiente, lo que necesitabas es hacer otro ciclo de lectura de ese arreglo.
#include <iostream>
using namespace std;
main ()
{
int arryc[99],arryS[99],spar=0,simp=0;
//sleep()=[500];
cout<<"Serie: "<<endl;
cout<<"\n";
for(int i=0;i<=99;i++)
{
arryc[i]=i+1;
cout<<arryc[i]<<"\t";
}
for (int i=0; i<=99;i++)
{
if ( arryc[i] % 2 == 0)
{
//arryS[i]=0;
spar=spar+arryc[i];
//spar+=arryS[i];
}
else
{
//arryS[i]=0;
simp=simp+arryc[i];
//simp+=arryS[i];
}
}
cout<<"\nSuma pares: ";
cout<<spar<<endl;
cout<<"\nSuma impares: ";
cout<<simp<<endl;
cin.get();
}
Autor
En línea
(en lo unico que tengo duda fue en esto:
), la de windows es por que le quería poner un sleep y no supe cómo, las otras las ocupe para otro programa y olvide quitarlas 
