Hola buenas este es un ejercicio de una pagina...
Ya me he pasado rato intentando ver como funciona esto pero no me salgo.
Lo que pide es que primero entres el numero de palabras que entraras en el programa, y despues de escribir cada palabra te escribe en pantalla los caracteres de las palabras que esten en la posicion de los numeros pares del array, y los de los numeros impares separados.
Pues este es el codigo, me pone error donde fgets(s), gracias!

int main()
{
	char palabra[]="salchicha", auxiliar[32];
	int i, j=0;
	for(i=0;i<strlen(palabra);i++){
		if(i%2==0)
			cout<<palabra[i];
		else{
			auxiliar[j]=palabra[i];
			j++;	
		}
	}
	auxiliar[j]='\0';
	cout<<" "<<auxiliar<<endl;
	system("pause");
}

Una cadena de caracteres de tipo C, es decir, una variable char*, acaba cuando encuentra el caracter '\0'. Por ejemplo:

char *palabra = "hola"; // internamente se ha guardado hola\0 

Si creas una cadena ingresando caracteres como en ese bucle, tienes que ingresar al final el caracter de final de cadena '\0'. Los métodos de copia <strcpy()> <strncpy()> y de entrada <gets()> <fgets()> etc ya hacen ellos eso y no tienes que preocuparte de ello. Sólo tienes que hacerlo si ingresas los caracteres "manualmente".

La siguiente línea es simplemente para mostrar la variable por pantalla. Y la última línea es para hacer una pausa y que no se cierre la pantalla del terminal cuando ejecutas el programa. El <system("pause")> es una mala práctica que se recomienda sustituir por <getchar()> en C (incluido en <stdio.h>) y <cin.get()> en C++ (incluido en <iostream>).