Si, puedes. Utiliza dos descriptores / punteros de fichero. PERO cuidado con eso:
FILE *a,b
SOLO a ES UN PUNTERO. a --> FILE*. b --> FILE
FILE *a,*b
o para que peuda quedar más claro:
FILE *a;
FILE *b
Y si no te refieres a esto, concreta más / pon el código problemático.