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Mi pregunta es si se puede trabajar y abrir dos ficheros a la ves para trabajarlos mutuamente porque me tira errores

Si, puedes. Utiliza dos descriptores / punteros de fichero. PERO cuidado con eso:

FILE *a,b

SOLO a ES UN PUNTERO. a --> FILE*. b --> FILE

FILE *a,*b

o para que peuda quedar más claro:

FILE *a;
FILE *b

Y si no te refieres a esto, concreta más / pon el código problemático.

asi lo hize pero me tira errores -.........................no se porque .....el codigo  es demasiado largo si  lo coloco nadies me querra ayudar ..... pero me e dado cuenta que a la hora de crear los ficheros se crean normales hast hay todo bien ...pero es a la hora de abrirlos uno despues de otro hay es donde me sale un cartelito diciendo que a detectado error ..... se devera a eso .....como  abres tu loos ficheros en bajo nivel ....

Pon el código donde tratas con los ficheros e indica qué error te sale. Se me rompió la bola de cristal, así que no puedo adivinar de forma mágica tu problema.