ambos se usan en casos diferentes
El Initialization Vector (IV) se utiliza en cifrados simétricos, concretamente aquellos basados en cifrados de bloque y de flujo. Las nonces, "numbers used once" (creo recordar que era así) son utilizados como si fueran un salt, consiste en evitar ataques de replay o bien "de integridad" ya que por ejemplo en SSL/TLS se utilizan para derivar las claves de cifrado e integridad. También para las firmas digitales en el ServerKeyExchange, sólo si se utilizan métodos "Ephemeral". De esta forma un atacante no sabe si se mandó una misma firma digital o hash sobre un mensaje conocido.
Saludos.