No se puede, tienes que trabajar con ambos como si fueran uno e igualar el numero de fotogramas en la animación, solo así. Puedes hacerlo con Flash MX (cada animación en una capa),
No no, abre flash y importa a la biblioteca las animaciones, asi se quedan en un movieclip y asi cada uno tiene su velicidad y numero de fotogramas. Lo malo es que pierde calidad.