tienes que que comunicarte con el servidor por x comando el servidor recibe y ejecuta el procedimiento de listar los directorios y envias al cliente la lista ...que llevas hecho?
haa ok, bueno yo no use array list como lo iso panaka ya que estas trabajando con arreglos pero si lo usas te simplificara mas las cosas pero tendras que modificar los parametos a quien le devolveras los nuevos valores
-.-! si se podria pero se nececitarian comprobaciones innecesarias el cual reduces con otro for ademas por que lo quieres hacer con un solo for?? si es por velocidad creo que estas midiendo mal la velocidad de java