supongo que lo ideal seria presentarlo ya como plantilla, aunque claro, eso lo decidiran los organizadores.
Creo que algo que tambien es importante aclarar es la resolucion bajo la que se debe hacer la plantilla. Porque despues saldrán unas de 800, otras de 1024, etc, etc.
Para mí que la mas "universal" es la de 1024 x768 y se usa en la plantilla actual de la web.
El flash es un formato muy dinamico, y aunque aveces si ponemos demasiados elementos en una animacion, puede llegar a hacerse pesada, al pasarlo a GIF se hace mucho mas pesada, y eso ya lo comprobaste.