Vamos a probar, aunque no entiendo muy bien la linea
set /A "linea=%%X" 2>NUL && Echo+ >>"%userprofile%\Desktop\Cap 01 B mod.srt"|| (set "linea=%%X")
Estableces como variable aritmetica LINEA, pero 2>NUL no se que es ( en C sería 2 mayor que vacio). Lo siguiente seria insertarle la linea con el echo, redireccionar al archivo srt, pero la parte "|| (set "linea=%%X")"; tampoco le pillo.
En cuanto a codificacion del archivo es por aegisub pues al abrirlo me arroja el error: "Parsing Srt: Incomplete file". Si lo paso a UTF8 con notepad no hay problema al abrirlo.
Gracias