Si tienes permiso de admin siempre puedes crear una excepción del archivo que no quieres que te elimine el antivirus.

Puedes probar a usar algún cripter, packer...  o bien ofuscar el ejecutable tu mismo.

Ya ahí me pillas, supongo que pueden tener campos en común pero en  diferentes posiciones.

Ni idea.

Lo que buscas se llama Binder o Joiner.

Había uno bastante famoso en el foro llamado Cactus Joiner, pero el tema es muy antiguo y se eliminó, también está este que creo Zero.

https://foro.elhacker.net/abril_negro/little_joiner_10_open_source-t254489.0.html;msg1232312

Cada formato tiene su estructura.

Como indica AlbertoBSD, intentar comprender la estructura no es sencillo...

Y desde luego la información no se organiza a nuestra vista como 0's y 1's, los archivos (formatos) tienen una estructura 'entendible' para el humano. Quiero decir, que teniendo el suficiente conocimiento de que es lo que contiene cada posición del archivo lo vamos a poder ENTENDER que es lo que va ahí.

Por ejemplo, la estructura del formato Mp3 (o una pieza de como se organiza).

http://www.datavoyage.com/mpgscript/mpeghdr.htm

El caracter "\n". 

no es lo mismo hacer:

que:

Quieres usar las funciones de una DLL  por lo que entiendo... ¿No?

Tienes 3 opciones que se me vengan a la cabeza.

1- Meter la DLL a la carpeta del sistema.
2- Poner la DLL en la misma ruta de tu ejecutable
3- Hacer referencia directa a donde tiene que ir a buscar la DLL cuando vayas a llamar a alguna función que este dentro.

Mi recomentación en la segunda opción.

Estas leyendo el salto del línea del archivo  

Por otra parte hay funciones para esto en python sin necesidad de usar algo externo...

os.environ.get("USERNAME")

Y hay también funciones para saber cual es el disco duro donde esta instalado el SO.... por que imaginate que no esta instalado Windows en la partición C.

Mete el código dentro de un while.