Lo que puedes hacer es algun tipo de chequeo de la DLL (CRC, MD5, o lo que mas te guste)
Tambien puedes usar una comprobacion de "codigo" ejecutable, osea, puedes comprobar las parte "sensibles" del codigo de la DLL, o de la sección de datos (comprobar los bytes, no?
)
Hay varias formas de determinar si la DLL que el EXE está cargando es la original. A veces, es cuestion de usar la imaginación.
Saludos