#include<stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>
 
void binarioConvertir(int, char[]);
 
int main(void){
 
    char cadena[] = "daniel", cad_binaria[8] = "";
    int ascii=0, i=0, binarioMayuscula=0;
 
    while(i<6){
        ascii = cadena[i];
        binarioConvertir(ascii,cad_binaria);
        convertir_a_decimal(cad_binaria);
        printf("\n%c en decimal %3d en binario %s", cadena[i], ascii, cad_binaria);
        if (cad_binaria[1] = '1')
            cad_binaria[1] = '0';
        printf(" -->mayuscula-->%c-->",convertir_a_decimal(cad_binaria) );
        printf(" %s-->%d",cad_binaria,convertir_a_decimal(cad_binaria));
        i++;
    }
    printf("\n\n");
    return 0;
}
 
void binarioConvertir(int num, char cad[]){
    int i=0, izq=0, der=0, aux=0;
    while(num>0){
        if(num%2 == 0)
            cad[i] = '0';
        else
            cad[i] = '1';
        num = num/2;
        i++;
    }
    der=6;
    while(izq<3){
        aux      = cad[izq];
        cad[izq] = cad[der];
        cad[der] = aux;
        der--;
        izq++;
    }
    cad[7] = '\0';
}
 
int convertir_a_decimal (char cad[]){
    int decimal=0,i;
    for (i=6;i>=0;i--){
        if (cad[6-i]!='0'){
            decimal+=pow (2,i*((cad[6-i])-48));
        }
    }
    return decimal;
 
 
}
 

Todo es jugar con el valor del caracter en la posición 1.

Te he añadido la conversión a decimal usando las potencias de 2. Lo he hecho con "pow" por ganseria xD.

Antes que nada procura indentar o sangrar el código para que sea más legible y elige las etiquetas de C++, aunque el código sea en C. Salen de esa forma coloreado y es más fácil leerlo.

Y en tema pon una breve descripción de lo que buscas, no aclara nada eso de "problema con el siguiente codigo [C]"

Te pongo el código con las correciones que me han parecido y que no se aparten de tu código original. Por cierto,  ya veras cómo salir del bucle.   .

#include <stdio.h>
 
int esVocal (char c);
char sigVocal (char c);
 
int main (){
    char c;
    do{
        puts ("Introduzca vocal:");
        scanf("%c",&c);
        while (getchar ()!='\n');
        if(esVocal(c)!=0)
            printf("%c\n", sigVocal(c));
    }while(c!= EOF);
    return 0;
}
 
int esVocal (char c){
    int si_o_no=0;
    if(c=='a'||c=='e'||c=='i'||c=='o'||c=='u')
        si_o_no=1;
    else si_o_no=0;
    return si_o_no;
}
 
char sigVocal (char c){
    if(c=='a')
        c='e';
    else if(c=='e')
        c='i';
    else if(c=='i')
        c='o';
    else if(c=='o')
        c='u';
    else if(c=='u')
        c='a';
    return c;
}
 

#include <stdio.h>
 
void pillo_cadena (char cad[600],int flag);
int con_pal,con_frase,cont_l_on_palabras,lon_frase;
void palabras_en_palabras (char palabras[],char frase[]);
void ordenar (char cadena[10]);
int comparar (char temp1[10],char temp2[10]);
int longitud_cadena (char cadena[10]);
char convertidor(char caracter);
 
char palabras[10],n_palabras[10][51],temp [10],frase[600];
 
int main (){
 
    char palabras[]="leon San noel.";
    char frase[]="NeoL aSN sAn Nas LeoN.";
    /*
    Acticva lo que sigue para introducir a mano
    los datos y desactiva entonces los dos anteriores
    */
 
    /*int flag=0;
    char palabras[10],frase[600];
    palabras[0]=frase[0]='\0';
     flag=1;
    printf("Introduce un seguido de palabras (10 max) de 50 caracteres como mucho, terminando con un '.'\n");
    pillo_cadena (palabras,flag);
    flag=2;
    printf("Introduce el texto, separando las palabras con especios i terminando con un '.', las palabras deben de ser de 50 letras max\n");
    pillo_cadena (frase,flag);*/
    palabras_en_palabras (palabras,frase);
    return 0;
}
 
void pillo_cadena (char cad[600],int flag){
    int i=0;
    int pillo_cad;
    cad[0]='\0';
    do{
        pillo_cad=getchar();
        cad[i]=pillo_cad;
        if (flag ==1)
            palabras[i]=cad[i];
        if (flag ==2)
            frase[i]=cad[i];
        i++;
    } while (pillo_cad != '\n');
    cad[i-1]='\0';
    if (flag ==1)
        palabras[i-1]=cad[i-1];
    if (flag ==2)
        frase[i]=cad[i-1];
}
 
void palabras_en_frase (char frase[],int con_pal,char temp[]){
    int i,cont=0,cont2=0;
    char aux [10],ch;
    aux [0]='\0';
    for (i=0;frase[i];i++){
        aux[cont]=frase[i];
        ch=frase[i];
        aux[cont]=convertidor (ch);
        cont++;
        if (frase[i]==' ' || frase[i]=='.'){
            aux[cont-1]='\0';
            ordenar  (n_palabras[con_pal]);
            ordenar  (aux);
            if (comparar (aux,n_palabras[con_pal])==0)
                cont2++;
            cont=0;
            aux [0]='\0';
        }
    }
    printf ("\nLa palabra %s tiene %d anagramas " ,temp,cont2);
    printf ("en: %s" ,frase);
}
void palabras_en_palabras (char palabras[],char frase[]){
    int i,j,cont=0,con_pal=0;
    char aux1 [10],temp [10],ch ;
    aux1 [0]=temp [0]='\0';
    for (i=0;palabras[i];i++){
        temp[cont]=palabras[i];
        ch=palabras[i];
        aux1[cont]=convertidor (ch);
        cont++;
        if (palabras[i]==' ' || palabras[i]=='.'){
            aux1[cont-1]=temp[cont-1]='\0';
            for (j=0;aux1[j];j++)
                n_palabras[con_pal][j]=aux1[j];
            n_palabras [con_pal][j]='\0';
            palabras_en_frase (frase,con_pal,temp);
            cont=0,con_pal++;
            aux1 [0]='\0';
        }
    }
}
 
void ordenar (char cadena[10]){
    int i,j,lon;
    char temp1;
    lon=longitud_cadena (cadena);
    for (i = 1; i < lon; i++){
        for (j = 0 ; j < lon-i; j++){
            if (cadena[j] > cadena[j+1]){
                temp1 = cadena[j];
                cadena[j] = cadena[j+1];
                cadena[j+1] = temp1;
            }
        }
    }
}
 
int comparar (char temp1[10],char temp2[10]){
    int i,si_o_no=0;
    if (longitud_cadena(temp1) != longitud_cadena(temp2))
        si_o_no=1;
    else {
        for(i=0;temp1[i];i++)
            if (temp1[i]!=temp2[i])
                si_o_no=1;
        si_o_no=0;
    }
    return si_o_no;
}
 
int longitud_cadena (char cadena[10]){
    int i;
    for (i=0;cadena[i];i++);
    return i;
}
char convertidor(char caracter){
    if (caracter>96 && caracter<123)
            caracter-=32;
    return (caracter);
}
 

Es muy mejorable usando las funciones que mencioné, como para que se puedan introducir números, más espacios entre palabras -como está sólo admite un espacio entre palabras- etc. Pero bueno, creo que lo que te pongo es lo que pedías. Al menos espero te sirva de orientación.

#include <stdio.h>
 
int main(){
	char  cadena[]="LeoSanSan LeoN";
	int i;
	for (i=0; cadena[i]; i++)
		if( cadena[i] & 0x20 )
			printf("%c -> minuscula\n", cadena[i]);
		else
			printf("%c -> mayuscula\n", cadena[i]);
 
	printf("\nEn mayusculas: ");
	for (i=0; cadena[i]; i++)
		printf("%c", cadena[i]& 0xDF);
	putchar ('\n');
	printf("\nEn minusculas: ");
	for (i=0; cadena[i]; i++)
		printf("%c", cadena[i]| 0x20);
    putchar ('\n');
	return 0;
}
 

  Felices Navidades y Próspero Año Nuevo.