formatea viejo, el te dice que aunque formaties no va a cambiar y que te vas a infectar de nuevo.
1- formatea, drivers, antivirus actualizado, recomiendo avast internet segurity, scanea la otra partición entera, habilita ver archivos ocultos, ya que puede haber una carpeta con algun .bat oculto con un acceso directo con un icono diferente que te hace ejecutarlo modo silencioso, el pudo haber camuflado del troyano para que no sea detectado por los antivirus.
2 - en cuanto a seguridad se trata, tener la SO actualizado ayuda mucho, ya que tapa los bug de seguridad encontrado y net framerwork, con metasploit. tener un firewall bueno y con las defensas altas.
una buena forma de detectar estos troyanos, no detectados por antivirus, es pasarle un anti rootkit, hijackthis de vez en cuando o cuando veas mas prosesos de lo usual, Un spybot cada una semana, una scaneo de arranque cada 2 semanas y anti rootkit y hijackthis cada un mes.
Nota: Una vez formateado e instalado el SO ni se te ocurra entrar a la otra partición, y menos ejecutar cualquier archivo hasta que hayas concretado el punto uno.