Buenas, creo que ya entendí tu idea 16BITBoy.
Estuve googleando un poco mas a fondo y creo que encontré la solución tal y como tu me explicaste:
Se trataría de una sola tabla donde figuran tanto las categorías como sus sub-categorías( hijas ).
ID------------Nombre-----------IDPadre
0 Categoria 1 0
1 Categoria 2 0
2 SubCategoria 1.1 1
3 SubCategoria 1.2 1
4 SubCategoria 2.1 2
.
.
.
N SubCategoria N N
Para seleccionar las categorias principales:
SELECT ID,Nombre FROM tabla WHERE IDPadre = 0
Para las hijas y sucesivas que esten anidadas:
SELECT ID,Nombre FROM tabla WHERE IDPadre = 'IDPadre'
Creo que se podría dar por cerrado el tema.
Muchas gracias y un saludo