lo que estás pidiendo es un programa que corra en una computadora ajena sin intervención del administrador o usuario para que borre/altere un archivo
creo que esa es básicamente una definición de virus...
si le das el video a tu profesor el tiene que ser responsable de lo que pase con este, poco puedes hacer ya que no puedes forzar a que se inicie un programa cada vez que se inserte el pendrive... ya sea porque es un método que "no le gusta a los antivirus", porque la maquina que se use no tenga activado autorun o simplemente no sea windows...