siempre que instales windows, el va a sobreescribir el GRUB, pero aquí no hay problema, para repararlo, solo tienes que usar un live CD, no es necesario que sea ubuntu, cualquiera con apt-get sirve, conectarte a internet instalar grub repair y en un par de minutos ya estará corregido el problema...
para instalar boot repair, solo haz esto
sudo add-apt-repository ppa:yannubuntu/boot-repair
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y boot-repair && boot-repair