un crypter es asi:
El builder (Crea el archivo cifrado)
abre el binario a cifrar.
Abre el "stub" (ver mas adelante)
Cifra con algun algoritmo el binario original
Pega en un nuevo archivo el Stub + separador + binario cifrado original.
El STUB (Pedazito de programa)
Se abre a si mismo
Separa su codigo del binario cifrado (para eso es el separador que pusimos arriba)
Descifra el binario
Lo ejcuta desde memoria (Crypter RUNTIME) o bien lo escribe a un archivo y lo ejecuta (Crypter SCANTIME)
Puede variar, pero basicamente asi funcionan todos.
Suerte