Creo que es porque tu SO es de 64 bits.... 
HKLM\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run

HKLM\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
No tiene relevancia, Yo tengo Windows 7 (x64) y uso la clave que dije para añadir tanto aplicaciones x86 como x64 (Algunos en Programfiles(x86) y otros en ProgramFiles).
Pero por si acaso no voy a negar que añadiendo la clave ahí vaya a funcionar, Aunque de ser así, No entendería por que ahí si funciona (Por lo que acabo de explicar).
Saludos.