Lo más probable es que una empresa de seguridad externa haga una auditoría de ese ordenador, seguramente una análisis forense.
De todas maneras, no te preocupes, porque mucha idea no tienen. Por ejemplo para saber por dónde has navegado en casi todos lo trabajos se instala un aparato para mirarlo, no se va a la imagen del disco duro del trabajador a mirarlo. Se analiza el tráfico (normalmente mediante un aparato de hardware) y se sabe dónde ha entrado y cuándo a entrado (y es exactamente igual que hayas borrado el historial).
Algunas curiosidades de los rastros o huellas que se dejan en Windows al usarlo:
7 huellas que dejas en el PC sin saberlo