El problema de el manual de Frequency esque esta anticuado, es un gran manual pero antiguo. Aunque supongo que lo de usar una o dos bases de datos depende de cada uno. Pero por experiencia propia y por muchos foros que visito (En ingles, foros de desarrollo, que generalmente hay gente que sabe mucho), lo mejor es crear dos bases de datos. Borra la base de datos 'ascent', crea una llamada 'world' y otra 'character', en la de world mete la base de datos NCDB (configurando en el .bat los nombres nuevos de las bases de datos) y en la de character mete el character 2.3.3. Solo hay que meter dos SQL para que todo funcione correctamente.
http://mmoforge.org/svn/ascent/trunk/sql/world_updates/Te pedira el usuario, es 'anonymous', la contraseña dejala en blanco, vete al final de la pagina y mete la penultima SQL (3977_world_spell_coef_override.sql), fijate en el numero al principio del nombre, indica a partir de que version del emulador tienes que añadir esa SQL. Hay otra, con el numero 4042 que solo la deberias de aplicar en el caso de que tu version del emulador sea la 4042 o superior. Si actualizas la version del emulador tienes que ponerla, pero si sigues con la 3990 no es necesario.
Prueba y cuentame como te a ido