Algo asi?

int h = this.getFrame().getSize().height;
int w = this.getFrame().getSize().width;
 

 y de un button por ej:

int e = this.jButton1.getSize().height;

en lugar de strings en el código utilizar sus equivalentes hexadecimal u otro para cada caracter y en tiempo de ejecución convertirlos en strings.
Tratar de utilizar todo lo que se pueda mediante diseño y no por código, es lo que no leen los descompiladores.
Busca ejemplos de ofuscar codigo en c, c++ u otro para implementarlo en tu programa.

Aclaremos:
El problema es que un usuario limitado no tiene permisos para escribir en Archivos de Programa o similar, pero si utilizas "USERPROFILE" podrás escribir y todo dentro del usuario activo (Doc and Set\usuario\), asi tb crear accesos directos para el mismo y demás.
Por ejemplo para crear un archivo:

File.Create(Environment.GetEnvironmentVariable("USERPROFILE") + "\yo.txt")

Ahora si quieres que siendo user limitado instale y ejecute como usuario administrador tendrias que utilizar un exploit local para elevar los privilegios, con lo cual tu aplicación pasaria a ser considerada peligrosa. Lo más aconsejable es utilizar las carpetas del usuario activo y crear accesos directos en el menú inicio del mismo.

Hazlo en el mismo código porque todos los encriptadores tienen su desencriptador.

Utiliza variables de entorno "USERPROFILE" te serviria para lo que mencionas.

Si lo desinstalaste, deberias fijarte si la API del MSN tiene alguna dependencia con IE, si solo "no lo utilizas" pero sigue instalado en tu Win existen las "actualizaciones automáticas"   
En todo caso voz mismo puedes ver el porque del error en tu máquina con el script que mencione, un error por IE no se aplica a todas las PC's, la mayoria de los casos esta dada por errores humanos y falta de conocimiento.

fijarse donde dice "Código"

lo digo porque en un Win XP SP3 y Win Vista SP1 sin actualizaciones de IE corre perfecto, luego de actualizar al IE 8 da este tipo de error.

La Messenger API Type Library hace referencia a:
La version 4.7 de Windows Messenger y funciona hasta en la última versión.

Una de las causas por las que da error es por el IE, un modo sencillo de comprobarlo es crear un script en vb script invocando la api del msn y ahi te mostrará el código de error, lo más probable es por alguna actualización del IE pero siguiendo esos pasos lo identificarás.

Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
         x = (int) (screenSize.getWidth() / 2 - 350/2);
         y = (int) (screenSize.getHeight() / 2 - 350/2);

Podrias calcular la resolución de la pantalla, acomodar y redimensionar tu aplicación deacuerdo a la misma.

private void jButton1MouseClicked(java.awt.event.MouseEvent evt) {
        if(jCheckBox1.isSelected())
        {
            jButton1.setText("checkeado");
        }
        else jButton1.setText("no checkeado");
    }

Para el if deberia ser:

==