Cambia algo si escribes y lees usando binary, osea
fopen(..., "wb") para escribir y "rb" para leer?

Sobrecarga <<
No <

resolverBot no parece estar siendo usado nunca.

Si ab->izq es null, ese if tendra problemas al hacer ab->izq->izq o ab->izq->der
Lo mismo con ab->der

No olvidar poner el '\0' final al string destino.

Es posible hacer la busqueda sin hacer 2 comparaciones por cada vuelta del ciclo, solo es necesario hacer 1 comparacion, pero se requiere modificar el arreglo.

Apostaria mas por el flag hacia el compilador que el #ifndef o el #pragma.
Usualmente las directivas al preprocesador tendran efecto si al compilar 1 programa, este #incluye mas de 1 vez el mismo codigo en esa operacion.
Pero si estas compilando 2 archivos .cpp, como indicas, y ambos hacen #include, el compilador no tiene manera de saber lo que #incluiste antes y no va a tener efecto el #ifndef o #pragma.

Si el archivo #incluido tiene funciones, como parece ser el caso, a ninguna de las 2 compilaciones le molestara', pero el linker descubrira' esto y reclamara' de la duplicacion de codigo, como lo esta haciendo ahora.

Sugiero eliminar la presencia de funciones en los archivos #incluidos. quedandose solamente con la definicion de tipos y la especificacion de prototipos de funciones, haciendo su implementacion en un archivo .cpp aparte.

Hay que eliminar el punto final del link

https://github.com/eliben/esms

Usa &a->n

No hagas delete de lo que no has hecho new.