<?php
 
$conx = mysql_connect('localhost','root','');
mysql_select_db('testing',$conx);
 
$query = mysql_query("select ID,CODIGO FROM testing1");
 
while($row = mysql_fetch_array($query)){
	$Resultado[$row['ID']][$row['CODIGO']]=true;
}
 
echo '<pre>';
print_r($Resultado);
echo '</pre>';
?>

Array
(
    [331] => Array
        (
            [fsadfa] => 1
            [asdasfq] => 1
            [3425a] => 1
            [234sfq] => 1
        )
 
    [554] => Array
        (
            [kikiki] => 1
        )
 
)