Pero el archivo al cual llama python esta en el mismo path del script de php?
Podrías validar si existe el archivo primero que todo antes de ejecutar el script
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si esta en el mismo directorio del php....
Otra cosa, el archivo de python tiene permiso de ejecucion?
permisos como? el servidor esta montado sobre windows 7 y pues como te digo puedo ejecutar el python desde la linea de comandos de windows.. o no se a que permisos de ejecución te refieres...