Técnicamente tu puedes "esconder" estas funciones. Es perfectamente posible que un usuario no pueda usar ninguna de las funciones que tu usas pero la única forma de hacer eso es meter TODO en una IIFE o en ES6 usar bloques:

(function(){
//lo que tu quieras aquí
})();

Pero literalmente, tienes que poner TODO ahí. Olvídate de separar tus archivos JS.

Claro que de todas formas, no importa si un usuario puede usar o no tu JS para ejecutar una función remota en el servidor. Lo que hace JS, lo puedes hacer de otras formas.