Con PHP puro te vas a enfrentar a muchos problemas básicos que ya vienen solucionados en Laravel.. problemas como:

• Sesiones (para carrito, identificación de usuario, etc)
  
• Manejo de base de datos (piensa ORM, estructura de tablas, conexion, manejo de errores, SQli)
• Seguridad de requests (CSRF, autentificación, validación de valores)
• Routers (rewrites, friendly urls.)
• Y algunas más..

Con Laravel, dado que todo lo anterior viene más o menos solucionado, te tendrás que preocupar menos y centrarte solo en los aspectos del propio ecommerce:

• Carrito
• Inventario
• Precios
• Idiomas
• Etc.

Por supuesto todo eso también tendrás que hacerlo si eliges puro PHP.

Saludos