Vamos a ver, he creado un PHP que sube archivos (realmente es la vez 10.000 que lo hago), nunca me ha fallado, todo perfecto.

Si subo un archivo de texto y le pongo la URL no tiene problema (pesa 20Kb) pero si lo pongo a descargar mediante el código siguiente (he probado 1000 códigos):

header ("Content-Disposition: attachment; filename=a.txt ");
header ("Content-Type: application/octet-stream");
header ("Content-Length: ".filesize(a.txt));
readfile('a.txt');

Bueno pues si lo hago así el archivo de texto pierde los saltos de líneas, lo he probado cambiado los header, los mime (text/plain), etc... Además de perder los saltos de línea y estar todo el texto junto pesa un poco más (21kb).

¿Qué puedo hacer? ¿Se puedes cargar a bit/bit? ¿Por qué pasa esto?

Lo he probado y me va  bien.
Si usas Notepad++ o en PHP solo el salto de linea \n suele dar problemas en Windows.
Notepad(windows) necesita \r\n para leer correctamente los saltos.

PD: En la linea 3 no metes a a.txt entre comillas xD

Saludos