Si no sabes javascript, yo empezaría por ahí y después jQuery y finalmente los metodos AJAX de jQuery (que los hay nativos tambien). Al script lo único que le hace falta es un metodo de control para la función que se ejecuta en el intervalo de 1 segundo (cuando calcules una nueva fecha, se empezarán a ejecutar dos intervalos, haciendo que el reloj sume 2 segundos), los nuevos inputs y también habría que considerar el caso en que la suma de lo que tardo en procesar el AJAX  mas los segundos de la diferencia que traes es mayor a 60 segundos, porque en ese caso simplemente seguirá aumentando los segundos y nunca los minutos.