Existen tantos tipos de huellas, como tipos de ataques realizados.

Lo primero que hay que tener en cuenta, es qué hicimos, y como nos pueden cojer.

Para entrar a robar a una casa, puede tirarse la puerta a patadas, utilizar una palanca (Fuerza Bruta), Ganzuas... En el primer caso hay que recomponer la puerta, en el seguro repararla, en el tercero, deshacerse de las ganzuas.
Esto no implica que no queden otros rastros.

Existen muchos tipos de herramientas, backdoors, sniffers para capturar datos, logs de acceso de Apache u otros servicios (daemons)...

Muchos "Hackers" se limitan a eliminar los access_logs del apache, destruir webshells y backdoors, y root exploit's (Lo cual olvidé en mi último relato, por lo que supieron de la actividad, aunque no conocen su autor), y la cosa no es así.

Si creamos un usuario, no bastaría con eliminar la cuenta... ¿Cómo creaste el usuario? ¿Mediante comandos?

El fin de esta guía no es realizar el ataque perfecto, sino más bien una orientación.
Existen multitud de herramientas, tales como Zappers que afirman eliminar todo rastro... Cuando esto no es así.

Daremos un repaso por los medios más utilizados.

A) Destrucción del sistema
A-1) Esto ocurre cuando la evidencia es tal, que no queda otro remedio.

La forma más común, almenos en mi caso, seria inhabilitar el login, y causar un tal destrozo que el único medio sea la destrucción total o parcial. He aquí algunos comandos de interés:

B) Capturando y eliminando los access log de Apache.
B-1) Esta opción solo es viable si únicamente realizaste un ataque a nivel Web, por ejemplo, una Webshell

Los directorios más comunes son:

Se puede eliminar con RM, o editar, pero para asegurarse de no dejar nada mal, hacer uso de Tee.

C) Eliminar el Bash History
C-1) Si, es algo lógico, que mucha gente olvida...
C-2) Es tan sencillo como editar y/o eliminar el .bash_history o .sh_history
C-3) Recordar: Esto se hace JUSTO ANTES de salir.

D) Eliminar todo rastro de exploits, webshells, sniffers, ...
D-1) Como comenté, me descubrieron por dejar un Root Exploit. No saben quien fue, pero ahí supongo que seguirá.

E) Tener cuidado con los cambios en el sistema
E-1) Este paso es vital. Si hiciste un cambio y te agarran, será peor que si solo realizaste la intrusión, dependiendo del pais en el que residas.

F) Cuidado con los Backdoors
F-1) Durante un corto tiempo puede pasar inadvertido, durante más, puede ser descubierto... Más vale prevenir que curar.

G) Eliminar toda cuenta realizada, sobre todo si tiene permisos de Root
G-1) No basta con eliminar los permisos de shell (/sh/false)

H) Cuidado: Si hay alguien más logeado al sistema, puede ser muy peligroso.
H-1) Pueden capturarte fácilmente, además de rastrearte sin el más minimo problema.

I) Desconfia de todos. El anonimato implica el silencio absoluto, discreción, y seguridad. Jamás digas "Ataqué X servidor", si hay necesidad, "Ataqué un servidor". Fuera del sistema, si eres buscado, no dudes que te espiarán.
I-1) No existe proxy seguro, solo muy faciles, faciles, complejos, y extremadamente complejos. Pero no seguros.

J) Cuidado con el syslog.
J-1) En ocasiones puede ser más complejo de lo habitual deshacerse de cambios realizados en el.

K) Comandos de interés:

L) Ficheros peligrosos:

Despedida:
Este tutorial va dedicado a Vengador (The X-Cell), .xAk., Mr.Blood, 11Sep ... En fín, a todo CPH  

Se aceptan críticas, sugerencias, y amenazas de muerte.

Como siempre digo: "Para saber hacer, hay que saber que haces"

Un saludo!