No importa el entorno en el cual trabajes, sino que el sistema al cual quieres dirigir la aplicación soporte la versión del .NET Framework en la que estás compilando.

Es decir, si compilas una aplicación en .NET Framework 3.5, en VS 2013, para Windows XP, sólo funcionará si ese Windows XP tiene instalada la versión 3.5 de .NET Framework. Sin embargo Microsoft se encuentra en la lucha por eliminar del mercado a Windows XP y uno de los pasos que ha dado es remover el soporte de .NET Framework para Windows XP desde la versión 4.5 o superior.

Que mientras compiles en una versión que el sistema destino soporte, entonces funcionara sin importar el compilador ._.