Tengo una idea que podría funcionar aunque lleva algo de matemática pero bueno los programadors somos matemáticos natos
Recorre todos los pixel de cada imagen comparando su valor hex, por cada pixel diferente sumaras +1 si es igual no sumaras nada en una variable A que usaras como buffer en una variable B sumaras +1 cada vez que compares un pixel con otro si al final A es igual a cero entonces la igual es igual si A es diferente que cero entonces es diferente para calcular el porcentaje entonces debes dividir A entre B y multiplicarlo por 100, mira el ejemplo:
Public Class Form1
Public Function GetPixels(ByVal I As Bitmap) As List(Of Integer)
GetPixels = New List(Of Integer)
Dim X As Integer = 0, Y As Integer = 0
While X <> I.Width AndAlso Y <> I.Height
GetPixels.Add(I.GetPixel(X, Y).ToArgb)
X += 1
Y += 1
End While
End Function
Private Sub Form1_Load(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles MyBase.Load
Dim I1 As New Bitmap("C:\1.jpg")
Dim I2 As New Bitmap("C:\2.jpg")
Dim A As Long = 0
Dim B As Long = 0
For Each C As Integer In GetPixels(I1)
For Each D As Integer In GetPixels(I2)
If C <> D Then
A += 1
End If
B += 1
Next
Next
MsgBox("Diferentes: " & A & _
vbNewLine & "Análizados: " & B _
& vbNewLine & "Porcentaje de Diferencia: " & Math.Round(A / B * 100, 2) & "%")
End Sub
End Class
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