Encontré el error, es lo que te dije antes y no es por el código si no por las rutas cargadas. Esta vez te lo intentaré explicar lo mejor posible

cuando se inicia la App se dibujan los CheckBoxes de la ruta actual. Si cargas mas rutas a través del FolderButton() entonces se añaden mas CheckBoxes (la matriz mCheck tendrá mas índices). Hasta ahí bien. Aunque llames a CargarPropiedades() todo seguirá bien ya que tendrás los mismos índices que cuando cargaste la primera ruta.

El problema se presenta al cerrar la aplicación, pues imagínate que la ruta que cargaste al principio del programa genera 10 Checkboxes y la que cargaste con FolderButton genera 5 CheckBoxes más. Si antes de cerrar el programa tildaste el CheckBox 12,13 y 14 cuando abras la App otra vez sólo se dibujarán los CheckBoxes de la última ruta cargada (los 5 que generaste mediante FolderButton). Entonces la matriz mCheck tendrá 5 índices y le será imposible acceder al índice 12,13 y 14 pues esos índices los generaste cuando tenías 15 CheckBoxes Y AHORA TIENES 5 no los 15 que generaste por última vez (cargas el último directorio asignado a la propiedad, no los anteriores :/)

Tienes que idear un método para que se carguen las últimas rutas cargadas en el formulario, de esta forma podrás dibujar todos los CheckBoxes de ambas rutas y posteiormente comprobar si fueron tildados la última vez. Puedes hacerlo con una propiedad que guarde una matriz de cadenas String().

Espero que lo entiendas, pues el error es bastante crítico xD Si no lo entendieras pues podría ayudarte mediante código, pero estaría bien que pudieras arreglarlo pues es la mejor manera de comprender el funcionamiento del programa. Cualquier duda aquí me tienes.

Saludos!

Lo he hecho rápidamente, el código es MUY mejorable

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.ComponentModel;
using System.Data;
using System.Drawing;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Windows.Forms;
using System.IO;
using System.Xml.Serialization;
 
namespace WindowsFormsApplication1
{
    public partial class Form1 : Form
    {
        public Form1()
        {
            InitializeComponent();
        }
 
        private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
        {
            List<string> savedPath = GetSavedPaths();
            DirectoryInfo folder = new DirectoryInfo(@"D:\Tools\");
            DirectoryInfo[] subFolders = folder.GetDirectories();
            int top = 10;
            foreach (DirectoryInfo subFolder in subFolders)
            {
                CheckBox c = new CheckBox() { Left = 20, Top = top, AutoSize = true, Text = subFolder.FullName};
                c.Checked = savedPath.Contains(subFolder.FullName);
                c.CheckedChanged += new System.EventHandler(this.checkBox_CheckedChanged);
                top += 20;
                this.Controls.Add(c);
            }
        }
 
        private void SavePaths()
        {
            List<string> paths = new List<string>();
 
            foreach (Control c in Controls)
                if (c is CheckBox && ((CheckBox)c).Checked)
                        paths.Add(c.Text);
 
            using (StreamWriter sw = new StreamWriter("setting.xml"))
            {
                XmlSerializer serializer = new XmlSerializer(typeof(List<string>));
                serializer.Serialize(sw, paths);
                sw.Flush();
            }
        }
 
        private List<string> GetSavedPaths()
        {
            List<string> paths;
 
            try
            {
                using (StreamReader sr = new StreamReader("setting.xml"))
                {
                    XmlSerializer serializer = new XmlSerializer(typeof(List<string>));
                    paths = (List<string>)serializer.Deserialize(sr);
                }
            }
            catch
            {
                paths = new List<string>();
            }
 
            return paths;
        }
 
        private void checkBox_CheckedChanged(object sender, EventArgs e)
        {
            MessageBox.Show(((CheckBox)sender).Text);
        }
 
        private void Form1_FormClosing(object sender, FormClosingEventArgs e)
        {
            SavePaths();
        }
    }
}
 

Saludos

me lei todo y todavia no entendi , en realidad entendi, pero no cual es el problema, es simplemente guardar el estado de los checkbox y la ultima ruta que seleccionaste. pero como tenes 2 rutas se te borran las anteriores, pues simplemente guardas para cada path determinado tanta cantidad de checkboxes y de esa forma cada ves que cambias de ruta tenes lo ultimo que seleccionaste.

por ejemplo la carpeta c:\prueba genera 2 checkbox, tildas los 2 por ejemplo:

 - check 1
 - check 2

despues vas y seleccionas la carpeta c:\prueba2 que genera 3 checkboxes mas (aca ya tenes que guardar los checkboxes anteriores, y guardar la ruta tambien).

 - check 1
 - check 2
 - check 3

supongamos que tildas los 3.

entonces si ahora vas y seleccionas otra ves la carpeta anterior c:\prueba debes cargar los primeros 2 check.

o sea el path es lo que importa aca, despues segun el path cargas los checkbox que se crearon.

pero antes tendrias que hacer una validacion tambien de si existe la carpeta, porque si yo voy y borro un subdirectorio y despues cargas los valores guardados ese directorio no existe mas, por lo tanto el checkbox tampoco deberia aparecer.

Lo que hace NovLucker es guardar los subdirectorios de una ruta en un archivo xml serializado en funcion del Checkbox, pues si éste está checkado guarda la ruta . Posteriormente puedes acceder a dichos datos a través de GetSavedsPaths() e ir checkando los CheckBoxes.Sería algo como "tus rutas de música favoritas". Buen aporte sin duda

Estoy ciego, gracias HdM por aportar la solución pues no ví que se borraban los CheckBoxes dibujados al llamar a updatecheckboxes() y me lié pensando en otra cosa xD. Debería funcionar bien, ya que cargas la última ruta, obtienes los indices checkados y dibujas los Checkboxes (Todo en el evento Load) . Al quitar el método CargarPropiedades() de updatecheckboxes() te aseguras que si cargas una nueva ruta, se dibujen nuevos CheckBoxes y no haya conflictos si la cantidad es menor a la anterior.

Disfruta de la app

Ok, pues si te funca bien con el cambio, perfecto entonces. Cuando lo comercialices y te forres, acuérdate de los amigos  XDDDD