Junto a tus dudas es adecuado que señales que verisón de Visual Studio estás usando, ya que hay funcionalidad diferente a lo largo de tiempo.

De todos modos parece que has toqueteado alguna función para escalar la ventana y controles. Lo ideal es que mientras lo diseñas lo tengas en el 100%, es decir que quepa en el escritorio de tu monitor, y ya será otra cosa escalar la ventana.

De hecho, si estás emprezanso lo adecuado es que obvies todo lo que tenga con ver con la escala, haz que tu ventana tenga un tamaño fijo que no exceda la resolución tipica de un monitor (actual al menos), para ello tendrás que pensar bien como mostrar los controles para que quepan todos, lo idela es que se agrupen por funcionalidad y cada funcionalidad vaya separada, de hecho si es muy distita, incluso es preferible que vaya e su propia ventana si reqiere mucha manipulación de interfaz.
En casos de programas más o menos complejos, la ventana principal actúa de menú principal y toda la funcionalidad descarga en diferentes ventanas.

Cuando ya tengas cierta soltura, puedes si quieres ver de adaptar la interfaz para que se vea similar en cada resolución de pantalla o escalando... en ese punto ya entenderás bien la propiedad 'docking' de los controles, que es bastante probable que sea el problema actual en tu diseño (más que la escala)...