Hola, lo que necesitas es usar un archivo de tipo .INI para guardar las configuraciones de tu programa y asi cuando tu programa se inicie, leer esa configuracion y hacer lo que debas con ella.
fijate que la mayoria de los programas lo tienen, en el registro de windows tambien lo podes hacer si son pocos datos, pero por las dudas es mejor dejar el registro como esta.
para escribir/leer en un ini debes conocer que son las secciones y las claves, por ejemplo aca te paso un INI con una sección llamada VENTANA que esta conformada por las claves "alto" y "ancho" y quedaria algo asi:
[VENTANA]
ancho=1000
alto=2000
y asi mismo podes tener varias secciones, se usan las api's
GetPrivateProfileString y
WritePrivateProfileString , para escribir leer respectivamente.
aca tenes un ejemplo de el guille para leer y escribir desde .NET
Manejar ficheros INI
Usando el API de Windowssino tambien tenes este ejemplo facilisimo de visual basic 6, lo unico que cambia para .NET es la declaracion de las api's (los tipos de datos) y nada mas:
Leer y grabar datos en un archivo INIsaludos.