de eso se ocuparia el Instalador, yo te recomiendo que uses algun programa como Nullsoft Scriptable Install System (NSIS) para crear el instaldor.
osea, a lo que voy es que vos estas haciendo un programa, que requieren de un tipo de RunTime, en este caso .NET Framework 2.0, y siqueres hacer el instalar con un programa echo en .NET y en la pc que se va a instalar no tiene el Net Framework, nisikiera vas a poder instalarlo , osea es mejor usar un instalador que no tenga dependencias, asi, si en la pc no esta Net FrameWork instalado, el instalador podria bajarlo e instalarlo junto a los archivos necesarios para que tu programa funcione correctamente.