Para editar un video (quitar partes, por ejemplo) sin tener que reencodear (que es lo que mas demora) yo uso LosslessCut. La última versión la tienes aquí:
https://github.com/mifi/lossless-cut/releases/tag/v3.29.1La GUI es bastante básica y tiene ayuda aunque no viene en Español

.
Usa ffmpeg por debajo, por lo que anda muy bien. Ahora, debes tener en cuenta que cuando cortas un trozo de video, lo hace con respecto a los
keyframes (por eso evitas reencodear).
Por las dudas, en youtube hay varios tutoriales sobre cómo usarlo:
https://www.youtube.com/results?search_query=losslescutSaludos!