¿Estás usando Counter-Strike 1.6, no es así?
En ese caso (o en cualquier otro) lo que pasa es que por alguna razón rara a los juegos les pasa eso cuando hay en actividad otra ventana que no sea la del juego o cuando hay seleccionada otra ventana que no sea la del juego (ojo, la del escritorio cuenta)
Camtasia tiene la ventana chiquita que te deja establecer ciertas configuraciones antes de grabar, entonces lo que podrías hacer es poner una tecla/combinación de teclas para grabar/dejar de grabar, si es que Camtasia tiene la opción, de manera que no sea una ventana lo que toques para grabar.
Con Skype, lo que podés hacer es ir a Preferencias y desactivar "mantener Skype en la barra de tareas" para que deje de mostrarse en forma de ventana que probablemente impida la pantalla completa del juego.