Lo primero k importa saber es : kual era lo frame rate(fps) do filme antes de tu o tieneres convertido? Pq se lo dicho movie tenia 29.9fps    e o convertiste a 25fps es possible k isso ocurra . Pero la desincronizacione puede ocurir por las mas variadas causas .... Pq no extraes el sonido separadamente del video ? Haces esto e despues abres solamente el sonido com um Player adecuado e miras ... se el sonido tiene una duracion diferente del video lo cierto es k lo frame rate del sonido es diferente do frame rate del movie , se esto as ocurrido puedes corrijir la situacione utilicando la Ac3 Machine se lo sonido es Ac3  ; ou con BeSweet e la GUI BeSweetGUI0.6b61   se el sonido es wav ou mpg . Pero seria mejor explicares muy mejor  como haciste la conversion .
Ah ! No olvisdes k lo disco duro debe estar desfragmentado pues la fragmentacion des discos es una de las frecuentes causas de errores en las conversiones !

Saludos!

Efectivamente si sigues el manual del post al que haces referencia entonces es que as usado el srt to ssa y fijate bien porque este programita trae la opcion del tamaño de los subtitulos, de hecho dice el propio manual que se cambie ese tamaño y reduzca pues el programa pone por defecto un tamaño excesivo asi que se un poco mas cuidadoso a la hora de leer los tutos ok?

Y sobre el desfase... pues si el avi esta bien y el sonido se desfasa cuando lo recodificas para insertar los subtitulos es que realmente el avi no esta bien del todo, esto sucede en muchos avis mal creados que mientras no los toques y solo los reproduzcas no pasa nada pero si intentas codificarlos ya se fastidia todo.
Puedes intentar lo que te han dicho, osea instalar el vobsub y poner el ssa con el mismo nombre y en la misma carpeta que el video y convertir este a mpg con el tmpgenc o con el canopus procoder, si tienes suerte todo ira bien pero si el sonido se te desfasa tambien entonces tendras que usar el camtasia studio y seguir el manual que tienes pegado en el primer post d este foro para crearte un nuevo avi ya en buenas condiciones capturado a partir de la reproduccion del que tu tienes en el virtualdub. Y una vez que tengas el nuevo avi pues ya le insertas los subtitulos tal y como ya sabes.
Saludos...

Songoku