Hola.
Eso te ocurre por culpa del códec de playback que interpreta mal la posición del video grabado y decodifica los frames/imágenes al revés. Sencillamente prueba a utilizar un reproductor de videos distinto al que estés utilizando. Prueba con
MPlayer Classic Home Cinema (
MPC-HC),
SMPlayer o
VLC, por este orden de preferencia personal. El reproductor
MPC-HC debería mostrarte los frames del video en su posición correcta, pero te dije esas otras opciones por si a ti no te sirve ese reproductor. Te aseguro que así lo solucionarás, pues a mi también me pasó lo mismo, en un reproductor se ve al revés, y en otros bien, y fue por el motivo que te he dicho.
Si no te gusta la idea de utilizar un reproductor distinto y quieres intentar que el video se vea en la posición correcta en tu reproductor de videos favoritos (en el que la imagen se ve al revés) entonces puedes intentar eliminarle todos los metadatos contenidos en el formato de tu archivo de video, y así, con suerte tal vez llegues a eliminar "X" información que se esté interpretando de forma incorrecta por dicho reproductor, pero también puede que no te sirva para solucionar nada... por que puede que la información que se esté interpretando mal no esté almacenada en los metadatos y pueda ser que solamente sea un bug de decodificación de imagen por parte del códec... esto es practicamente imposible averiguarlo sin conocer la configuración de tu sistema (reproductor de videos que usas, pack de códecs si tienes alguno instalado, formato de los archivos de videos, etc)
EDITO:Como último recurso, antes que reconvertir el video lo que puedes intentar hacer es remuxearlo (esto es, desensamblar todas las piezas que componen al video, y volverlas a ensamblar). Un buen software para facilitar esta tarea es el editor de video
AviDemuxSaludos!