Lo siento pero apenas e comprendido nada de lo que dices, por lo que aunque creo que con mas datos podría ayudarte lo cierto es que con lo que as dicho me resulta imposible.
Debes por tanto explicarte mejor y poner mas datos como capturas de la configuración del grabador y del emulador y explicar de nuevo con capturas que son esas cosas a las que haces referencia continuamente de que si se ve así y debería verse de este otro modo, o de que si se ve mas 'grande' que no se qué. Para alguien que no está viendo lo que tu no tiene ningún sentido lo que dices, o al menos yo es que no me entero de nada.

En lo único que puedo aconsejarte actualmente es que uses otro formato de captura de video que no sea ese dinosaurio de windows media video, y windows media audio. Y por supuesto lo mismo con los codecs de compresión. Te aconsejo el formato mp4, y el codec pues dependerá de los que tenga disponibles tu sistema. Si pones la lista pues te podremos aconsejar.
Y por ultimo ahora que según tengo entendido as formateado el sistema operativo te aconsejo que uses un grabador mejor tipo OBS o en su defecto oCam para grabar los juegos. Es probable que si ahora el sistema ya no está corrupto funcionen bien, no como antes.
Saludos...

Songoku

Configuración del grabador:


Si la configuración del emulador es así:


entonces en pantalla completa se ve así:


y en el video grabado se ve así (normal):


Si en cambio configuro el emulador así:

(sólo cambié la resolución)

entonces en pantalla completa se ve así:

es decir, el borde, la parte negra, ocupa menos espacio, la pantalla del juego al expandirse se ve un poco más grande que con la otra configuración, me gusta más así, esta configuración, pantalla más grande.
La imagen es más chica que la anterior, sí, es como salió al tomarle foto, pero esa imagen se estira y el % que ocupa la parte negra es menor que en la otra. Prueba ver las imágenes en el mismo tamaño y lo verás.

pero el video grabado se ve así:

es decir chiquito, no me gusta.

El otro disponible es AVI y no recuerdo qué problema tenía, quizá no lo podía editar con el editor que tengo, aunque ahora los grabo de modo que no preciso editarlos. ¿Me recomiendas el AVI?

Dice Window media video 9 o 8, puse la 9 que es la más reciente supuse... No hay otras opciones.

Nop, sólo me cambiaron las RAM.

En unos días los pruebo, pero tengo Windows 7 y 2GB de RAM, muchos de los programas que intenté usar no se podían instalar o funcionaban muy lento, me aburrí de descargar, instalar, desinstalar, incluso uno por uno si mal no recuerdo tuve que volver a la configuración anterior de Windows porque dejó de funcionar Windows.

Ok, pero ¿viste los bordes negros que le mostré a Goku? ¿por qué será que en un caso son más grandes? La proporción de la pantalla es la misma creo.
1024 - 768
640 - 480
Calculé el 480 usando regla de 3 y coincide con la opción.

Pruebo. Lo de la calidad, es que, no me interesa taaanta calidad, los videos son pesaditos de por sí si son largos...

Buen dato pero... mira el inicio de mi video:
https://www.youtube.com/watch?v=K16ZliACPlk
Esa presentación es un exe de flash en pantalla completa, no es necesaria, ni que sea un exe, pero algo quiero poner ¿tendría que ser en el espacio chiquito? ¿en el video se vería más grande? También es medio lioso que quede centrado xD

Eso quedó de cuando grabé uno de Playstation que iba a 60 fps, pero acabo de reconfirmar que los de NES me van a esa velocidad también.

Eso creo que sirve para que el emulador inicie en pantalla completa, es útil pero no la solución. Presionando Alt+Enter se pone en fullscreen, lo pongo así, quizá no por buenos motivos pero no es la cuestión xD

Repito, deja puesto Native Resolution en VSDC, la resolución a pantalla completa se debe configurar en VirtuaNES, dependiendo de la resolución nativa del juego aparecerán franjas negras arriba y abajo, o izquierda y derecha (PERO NO en los cuatro lados a la vez) para que se rellene la resolución que has configurado en VirtuaNES



Si no quieres franjas negras configura la resolución en VirtuaNES para que coincida con la del juego, por ejemplo en mi video la resolución del juego es prácticamente cuadrada, entonces hay dos opciones para no tener franjas:

- En VirtuaNES poner una resolución cuadrada
- En VirtuaNES marcar Fit Screen para que el video se "estire" para rellenar toda el área

Desventajas:

- En ambos casos obtendrás un video de resolución no estándar y podrías tener problemas para reproducirlo
- En el segundo caso se estirará y deformará el video

No conozco nada de ese emulador y no puedo recomendarte nada al respecto (pregunta en la sección de juegos si eso). Cuando digo que es extraño me estoy refiriendo a que te pone franjas negras a pesar de que le configuras para que se muestre a pantalla completa. Pero bueno supongo que será un tema de resoluciones y relaciones de aspecto del juego con relación a la resolución y relación de aspecto de tu monitor.

Haz pruebas hasta que encuentres la resolución que mas se adapta a tu monitor, osea que deja menos franjas. Y claro está al grabar a pantalla completa con el grabador pues este irremediablemente también grabará esas franjas.

Si tu sistema operativo es de 64-bit, entonces esta es la ultima versión del Avidemux, con el que no solo podrás eliminar esas franjas sino que también podrás unir y cortar videos entre otras muchas cosas.
Saludos...

Songoku