Hola, estaba pensando en que si creo una aplicacion con interfaz grafica en java, se crea un archivo en la carpeta dist con un .jar que contiene todo el programa en si, pero eh visto que se puede abrir con winrar facilmente aunque por lo menos no es muy legible ya que al construir el .jar algo hace que no queda totalmente lejible. Ahora el problema es que buscando encontre que existen "descompiladores java" que al parecer hacen lejible el codigo como si nos pasaran el proyecto completo, aun no he querido probar uno aver si es verdad, pero si lo fuese, ¿cómo puedo entonces proteger mi codigo fuente? existe alguna forma de encriptarlo o nose alguna forma irreversible?

Usa un ofuscador, yo he usado: http://proguard.sourceforge.net/
Hace el código menos legible... pero Java es muy difícil de proteger bien.

Interesante, no tenia idea de este término, gracias por comentar.

Si usas un buen ofuscador, es muy complicado desofuscarlo. Y si ocultas el código, aún más complicado de decompilar.
Puedes complicarlo mucho.