Hola:
Para convertir a List y usar el metodo indexOf, puedes usar la clase Arrays de java
java.util.Arrays.asList(theArray).indexOf(o)
También hay que decirle a java de alguna forma cuando dos objetos de tu clase son iguales. Si no dices nada, por defecto serán iguales si son la misma instancia y serán distintos si son instancias distintas, aunque el contenido sea igual.
TuClase a = new TuClase(1,2,3)
TuClase b = new TuClase(1,2,3)
// a == b es false y a.equals(b) también es false.
Para indicar cuando son iguales, debes definir el método equals() en tu clase (el mismo IDE que uses eclipse, netbeans, idea, .... lo hacen si se lo pides).
Saludos.